腸病毒並沒有特製的藥物或疫苗，只能採取支持療法，如退燒、止咳、打點滴等，所以想要預防腸病毒，只能靠個人衛生保健和環境消毒。腸病毒適合在濕、熱的環境下生存與傳播，室溫可存活數天，4℃可存活數週，冷凍下可存活數個月以上，但在50℃以上的環境，很快就會失去活性，所以乾燥的環境、食物經過加熱處理，或將內衣褲浸泡熱水，都可減少腸病毒傳播。台灣衛生福利部疾病管制署提供以下注意事項，可以預防腸病毒：
- 堅持正確洗手五步驟：濕、搓（至少20秒）、沖、捧、擦。
- 均衡飲食、適度運動及充足睡眠，提昇免疫力。
- 新生兒及嬰兒多餵母乳，以提高抵抗力。
- 生病時，應儘速就醫，請假在家多休息。
- 注意居家環境的衛生清潔及通風。
- 避免出入人潮擁擠，空氣不流通的公共場所。
- 儘量不要與疑似病患接觸，尤其是孕婦、新生兒及幼童。
- 在接觸或哺育新生兒前要用肥皂洗手，必要時務必更衣、戴口罩，也盡量避免太多人接觸新生兒。
- 兒童玩具，特別是毛絨玩具要經常清洗、消毒，清洗後可以放在乾燥的環境曬曬太陽。
